Escherichia coli to bakteria występująca powszechnie tworząc mikroflorę jelit ptaków, ale także jedna z najistotniejszych przyczyn strat w produkcji drobiarskiej. Szczepy E. coli zasiedlające przewód pokarmowy tzw. AFEC-Avian Fecal Eschericia coli są symbiontami jelit. Spełniają ważną rolę w rozkładzie i wchłanianiu pokarmu. Szczepy patogenne E. coli, w tym szczepy ptasie tzw. APEC-Avian Pathogenic Escherichia coli to najczęściej izolowane drobnoustroje, które mogą powodować zakażenia u ptaków.
Szczepy APEC posiadają szereg markerów patogenności, odróżniających je od składników normalnej flory jelitowej, takie jak łatwość wnikania i wywoływania zapalenia czy wytwarzanie toksyn. Należy jednak pamietać, że zjadliwość to nie jest odrębna cecha bakterii, ale złożona, zmienna właściwość, w której uczestniczą elementy drobnoustroju i organizmu gospodarza, a także mają na nią wpływ czynniki środowiska. Zjadliwe szczepy E. coli nie są chorobotwórcze w organizmie gospodarza o wykształconej swoistej odporności (szczepienia ochronne), a zazwyczaj apatogenny szczep bakteryjny wywołuje chorobę w organizmie z uszkodzonym układem immunologicznym (po przebytych chorobach czy w trakcie antybiotykoterapii). Bakterie mogą być patogenne, a swą budową nie wykazywać cech chorobotwórczych.
Zakażenie szczepami E. coli u drobiu najczęściej następuje drogą oddechową, chociaż możliwa jest droga pokarmowa. Ptaki wdychają z powietrzem pył, kurz, ściółkę i resztki kału zanieczyszczone APEC. W warunkach fizjologicznych, zanieczyszczenia powietrza są usuwane przez komórki układu odpornościowego z właściwościami fagocytarnymi. W przypadku wystąpienia infekcji wirusowych, mykoplazmowych, bakteryjnych czy pasożytniczych dochodzi do uszkodzenia komórek nabłonkowych, a tym samym upośledzenia mechanizmów odpornościowych związanych z błoną śluzową (MALT, Mucosa-Associated Lymphoid Tissue) dróg oddechowych oraz przewodu pokarmowego co tworzy tzw. „wrota zakażenia”. Organizm ptaka nie jest w stanie skutecznie usuwać zanieszczyszczenia i ochronić się przed namnażaniem patogennych E. coli. Wykazano doświadczalnie, że wysoce zjadliwe APEC już w ciagu 6h po zakażeniu zasiedlają worki powietrzne i dostają się do innych narządów wewnętrznych.
Zakażeniom sprzyjają nieodpowiednie warunki chowu, takie jak stres środowiskowy, wywoływany nieodpowiednią wentylacją, temperaturą lub zapyleniem, nadmierną obsadą, wysokim stężeniem amoniaku. E. coli to bakteria stosunkowo oporna na szkodliwe działania warunków środowiskowych, odporna na mrożenie, długo utrzymuje się w środowisku fermowym, przeżywa w pyle i kurzu (8 miesięcy), w temperaturze 0°C do roku. U podstaw zapobiegania i zwalczania zakażeń E. coli w stadzie leży poprawa warunków zootechnicznych w kurniku, a w szczególności wentylacji.