Pasze w produkcji zwierzęcej odgrywają istotną rolę, a ich stan mikrobiologiczny ma decydujący wpływ na zdrowie zwierząt oraz na jakość uzyskiwanych produktów finalnych. Pasza, bowiem jest jedną z dróg wnikania czynników patogennych w procesie produkcji zwierzęcej.

    Biorąc pod uwagę specyficzną rolę żywienia zwierząt, czynnikiem istotnym dla optymalnej higieny pasz jest właściwy dobór surowców, utrzymanie warunków higienicznych podczas procesu produkcji pasz oraz podczas ich transportu. Z kolei, aby zapobiegać problemom na poziomie fermy, muszą zostać zoptymalizowane warunki magazynowania pasz, higiena wyposażenia oraz technika skarmiania.

    Uważa się, że komponenty paszowe mogą negatywnie oddziaływać na zdrowie zwierząt lub stanowić drogę wnikania patogenów do łańcucha pokarmowego. Mogą też stanowić substrat dla drobnoustrojów, jeśli procesy produkcji lub magazynowania, pozostawiają wiele do życzenia. Surowce mogą być także nośnikiem zanieczyszczeń mikrobiologicznych, niezależnie od sposobu postępowania z paszą.
 
 
Źródła zanieczyszczeń
Zanieczyszczeniami mogą być żywe drobnoustroje, które nie są szkodliwe dla zdrowia zwierząt, albo różne produkty mikrobiologiczne. Z tych ostatnich największe znaczenie mają mykotoksyny, gdyż niektóre z szerokiej gamy występujących w paszach toksyn trafia do łańcucha pokarmowego dzięki gromadzeniu się w narządach zwierząt, głównie w wątrobie i nerkach, lub w przypadku aflatoksyn – dzięki wydzielaniu z mlekiem. 
    Bezpieczne surowce mają typową florę mikrobiologiczną. Większość tych drobnoustrojów nie jest uważana za szkodliwe dla zdrowia zwierząt i ludzi. Pogorszenie jednak warunków higienicznych lub zanieczyszczenie paszy może mieć wpływ na jej jakość żywieniową i niekiedy prowadzić do sytuacji, w której łatwiejsza staje się transmisja bakterii patogennych lub zanieczyszczenie produktami przemiany materii mikroorganizmów.
 
Bakterie w surowcach paszowych
    Bakterie występujące w surowcach paszowych dzieli się na typową mikroflorę, wskaźniki zanieczyszczenia paszy oraz bakterie patogenne. Charakterystyczną mikroflorę surowców paszowych lub pasz stanowią bakterie (Flavobacteriaceae, Pseudomonas, Streptomyces spp.), grzyby (Acremonium, Verticillium, Fusarium, Aureobasidium, Aspergillus, Penicillium) i drożdże. Drobnoustroje te pojawiają się w pewnych ilościach w zależności od warunków panujących podczas zbiorów, przechowywania na poziomie fermy lub u producenta paszy. Są one zwykle typowe dla produktu, niektóre mogą być wskaźnikiem zepsucia, a inne są patogenami o znaczeniu dla zdrowia zwierząt i ludzi.
 
 
Procesy degradacji paszy
Zanieczyszczenie paszy ma miejsce, kiedy występuje w niej szereg procesów degradujących powodowanych przez pasożyty, bakterie i pleśnie oraz ich toksyny lub drożdże. Może być rozpoznane w zaawansowanych stadiach, dzięki badaniom sensorycznym, ale bardzo często konieczne są bardziej specyficzne testy w celu określenia obciążenia mikrobiologicznego oraz swoistości kolonizacji bakteriami patogennymi. Niedostateczna higiena pasz przejawia się zmianami makroskopowymi wskazującymi na zaawansowane zmiany składu, zwiększoną ilością drobnoustrojów oraz pojawianiem się określonych bakterii, pleśni, drożdży, które determinują zmiany w prawidłowym składzie mikrobiologicznym. Objawy kliniczne po spożyciu paszy zainfekowanej przez zwierzęta gospodarskie nie zawsze występują i zależą od obecności drobnoustrojów patogennych oraz specyficznych produktów toksycznych, w tym mykotoksyn. 
 
 
Zanieczyszczenia mikrobiologiczne przyczyną zaburzeń
    Zanieczyszczenia mikrobiologiczne różnią się w zależności od natury, pochodzenia i jakości materiału paszowego. Wtargnięcie pasożytów, ich produktów, bakterii patogennych lub domieszka niewłaściwej paszy mogą doprowadzić do zmniejszenia przyrostów masy ciała, szczególnie z powodu gorszego pobierania paszy i słabszego stopnia jej wykorzystania oraz zaburzeń trawienia, przejawiających się szczególnie w postaci biegunek. Mogą też być przyczyną zaburzeń oddechowych wywołanych zanieczyszczeniem powietrza kurzem z wysoką zawartością endotoksyn i spor. W konsekwencji dochodzi nie tylko do upośledzenia wydajności zwierząt, ale także do uszkodzeń urządzeń do zadawania paszy, oraz niekorzystnego wpływu na zdrowie ludzi pracujących w tym środowisku.
 
 
Jak zapobiegać psuciu się paszy
Metody zapobiegające psuciu się pasz polegają na wykorzystaniu składników jak najlepszej jakości, optymalizacji warunków higienicznych przechowywania paszy, zapobieganiu wysokiej wilgotności oraz regularnym czyszczeniu i dezynfekcji. Wilgotność jest jedną z ważniejszych przyczyn intensywnego namnażania się bakterii i pleśni. Z powodu kondensacji wody i niewłaściwej ochrony przed wilgocią pewne części urządzeń są bardziej mokre od innych, co często lekceważy się podczas magazynowania pasz.
    Większość pasz pochodzenia roślinnego (od 25 do 80%) zawiera zarodniki grzybów pleśniowych. Pochodzą one z mikroflory występującej na resztkach roślin oraz z gleby. Najpowszechniejsze są grzyby z rodzaju Aspergillus, Penicillium oraz Fusarium. Grzyby bytując na liściach i łodygach wywołują choroby roślin, obniżając ich plony. W okresie zbioru zbóż przenoszą się wraz z plonami do magazynów oraz silosów. Grzyby pleśniowe bardzo szybko się namnażają, zwłaszcza w mokre lata. Wytwarzają wówczas mykotoksyny – substancje pochodzące z przemiany materii grzybów.
 
 
Groźne mykotoksyny
Nie wszystkie mykotoksyny są równie szkodliwe dla zdrowia zwierząt i ludzi. Do najgroźniejszych należy sześć z nich. Są to: aflatoksyny, zearalenon, fumonizyna, womitoksyna, ochratoksyna i T2. Produkty rolnicze mogą ulec porażeniu grzybami na każdym etapie produkcji, począwszy od rozwoju rośliny na polu, poprzez zbiór, w trakcie obróbki, przechowywania jak i transportu. Rozwój grzybów toksynotwórczych zależy od wielu czynników, w tym także od poziomu wilgotności przechowywanych zbóż. W zbożu wysuszonym po zbiorze do 13% wilgotności grzyby rozwijają się słabo, a przy wilgotności powyżej 13% znajdują dobre warunki do rozwoju. Maksymalny wzrost następuje przy zawartości wody powyżej 20%.
    Jedną z najbardziej szkodliwych toksyn grzybowych dla zwierząt jest zearalenon. Na toksynę tą szczególnie wrażliwe są świnie. Zearalenon jest toksyną wytwarzana przez grzyby Fusarium: graminearum, culmorum, cerealis, equiseti, semitecum. Grzyby z rodzaju Fusarium zakażają zboża przed zbiorami, w okresie kwitnienia. Ich wzrost oraz produkcja toksyn może być również kontynuowana podczas magazynowania w niekorzystnych warunkach. Zearalenon występuje we wszystkich zbożach, także w ryżu oraz w nasionach soi, często w towarzystwie innych toksyn fuzaryjnych, takich jak fumonizyna i womitoksyna. U zwierząt domowych zearalenon oddziaływuje na receptory estrogenu i w efekcie objawia się jako hyperestrogenizm, aż do redukcji zapłodnień włącznie. Powoduje także zaburzenia w układzie rozrodczym, atrofię jajników, małą liczebność miotów oraz niską przeżywalność prosiąt
    Kolejną mykotoksyną, na którą wrażliwe są świnie jest deoksynivalenol – DON czyli womitoksyna produkowana przez fusaria: graminearum i culmorum. Womitoksyna występuje głównie w pszenicy, jęczmieniu i kukurydzy. Objawami zatrucia womitoksyną jest utrata apetytu, wymioty i związane z tym niskie przyrosty. Małe dawki toksyny obniżają apetyt, większe powodują wymioty. Podobnie jak w przypadku zearalenonu, także womitoksyny szybko podlegają przemianom metabolicznym w organizmach zwierząt i ich pozostałości w mięsie, mleku i jajach są niskie.
    Często występującą w klimacie umiarkowanym i gorącym jest toksyna o nazwie ochratoksyna A wytwarzana przez Penicillium verrucosum w klimacie umiarkowanym i przez Aspergillus ochraceus w regionach gorących. Najczęściej występuje w pszenicy, życie, jęczmieniu i kukurydzy, rzadziej w soi. Toksyna jest produkowana głównie po zbiorach – w trakcie składowania. Dobrą więc metodą zapobiegania wytwarzania ochratoksyny A jest szybkie suszenie zbóż bezpośrednio po zbiorach. Szczególnie wrażliwy na ochratoksyny w paszy jest drobiu. 
 
 
Pasze to także źródło salmonelli
Surowce paszowe mogą być źródłem bakterii patogennych, szczególnie salmonelli. Salmonelloza jest ważnym problemem zdrowotnym, a częstotliwość jej występowania w produkcji drobiarskiej jest zróżnicowana. Ważną rolę w zanieczyszczeniu salmonellami produktów końcowych odgrywa higiena w mieszalniach pasz lub na poziomie fermy. Mieszalnie pasz mogą być środowiskiem bytowania różnych typów salmonelli, które można identyfikować przez kolejne lata, co wskazuje na długotrwałe zanieczyszczenie zakładów produkcyjnych. Największe znaczenie jako nośnika salmonelli mają surowce paszowe lub składniki o wysokiej zawartości białka. Najczęściej uważa się, że zanieczyszczenie salmonellą jest procesem wtórnym i dochodzi do niego podczas niewłaściwego przechowywania paszy. Za źródło salmonelli uznawane są tradycyjne surowce paszowe bogate w białko, szczególnie pochodzenia zwierzęcego. Obecność bakterii z rodzaju Salmonella stwierdza się w 37% próbek mączki rybnej. Surowce roślinne, bogate w białko, wykazują zróżnicowany poziom zanieczyszczenia tą bakterią (od 3 do 35%).
    Metody ulepszania pasz w celu ograniczania wnikania patogenów paszowych do łańcucha pokarmowego polegają na przestrzeganiu higieny w trakcie produkcji, transportu, magazynowania surowców, a także podczas wszelkich procedur na fermie. Skład paszy i jej jakość wpływają w różny sposób na mikroflorę przewodu pokarmowego – niekorzystnie, zmniejszając oporność na zasiedlanie, lub korzystnie – sprzyjając eliminacji patogennych bakterii. Pewne procesy umożliwiają likwidację lub przynajmniej zmniejszenie kolonizacji przez bakterie Salmonella. Jedną z nich jest stosowanie składników pasz, które zakwaszają środowisko przewodu pokarmowego zwierzą. Obecnie możliwe jest stosowanie zaawansowanych technologii, skutecznie zmniejszających koncentrację drobnoustrojów, w tym Salmonelli, w surowcach paszowych. Do takich technologii trzeba m. innymi zaliczyć: peletowanie, mikronizację, ekspandowanie, ekstruzję, sterylizację oraz promieniowanie gamma.
 
    Przestrzeganie higieny w przemyśle paszowym skutecznie ogranicza zanieczyszczenie mikrobiologiczne surowców. Jedną z metod bezpiecznej produkcji pasz oraz zarządzania jakością jest poddawanie surowców paszowych działaniu wysokiej temperatury. Zarządzanie jakością w przemyśle paszowym polega na stosowaniu dodatkowych działań, szczególnie ustalaniu optymalnego systemu wykrywania zanieczyszczeń, zapobieganiu powtórnemu zanieczyszczeń, oddzieleniu szkodliwych surowców oraz restrykcyjnej kontroli higienicznej całego systemu produkcyjnego. Poza procedurami stosowanymi w zakładach produkcyjnych, należy również brać pod uwagę metody zadawania paszy na fermie.